De beruchte februaristaking werd hoofdzakelijk georganiseerd door de communisten. Na de staking (zware rellen en gevechten met de bezetter) van 25-26 februari 1941, tegen de anti-joodse maatregelen, werden door de Duitse bezetter minstens 300 communisten opgepakt. Op 22 juni 1940 viel Duitsland Rusland binnen. Dit was het sein voor de bezetter om op 24 en 25 juni ongeveer 400 vooraanstaande communisten op te pakken. De arrestaties werden uitgevoerd door de Nederlandse politie in opdracht van SIPO. Jan wordt op woensdag 25 juni 1941, 's morgens om 07:00 uur, op verzoek van de Sicherheitspolizei te Arnhem, door twee Wageningse politieagenten gearresteerd en weggevoerd als 'Nacht und Nebel' gevangene uit zijn woning aan de Essenlaan 21.

Diezelfde dag wordt hij om 11:00 uur overgebracht naar de SIPO in Arnhem. Hij wordt afgevoerd naar "Polizeiliches Durchgangslager" Kamp Schoorl nabij Alkmaar waar hij volgens eigen zeggen acht tot tien weken verbleef. Kamp Schoorl sloot in oktober 1941 de deuren als politiekamp en werd volledig legerkamp. Jan werd begin oktober 1941 overgebracht naar Schutzhaftlager Amersfoort. De communisten die werden overgebracht uit kamp Schoorl behoorden bij de eerste gevangenen van kamp Amersfoort. Dit Schutzhaftlager (gevangenkamp) kende een bikkelhard hongerregime van zo'n 1300 calorieen per dag. Velen stierven door uitputting gecombineerd met ernstig tekort aan voedsel. Naar eigen zeggen heeft Jan ongeveer 6 weken vastgezeten in Amersfoort. Hendrik van Dam werd op 16 augustus 1942 in de omgeving van Amsterdam gearresteerd. Na in diverse plaatsen gevangen te hebben gezeten volgde eind september de opsluiting in kamp Amersfoort. Hij werd daar, zonder enige vorm van proces, met 15 anderen op 16 oktober 1942 vermoord en in een massagraf gesmeten. Hij zou op 3 november 1945 worden herbegraven in Wageningen.


Vanuit Amersfoort wordt Jan half november 1941 naar Konzentrationslager Neuengamme, een kamp bij Hamburg, verplaatst. Het is een kamp waar veel communisten naar toe werden gedeporteerd. Konzentrationslager Neuengamme stond bekend om het bikkelharde arbeidsregime met als motto "Vernichtung durch Arbeit". Het gros van de arbeiders werkten aan het reguleren van de rivier de Elbe middels zwaar graafwerk. Anderen werden ingezet in het graven van antitank sleuven. Tussen juni en september 1942 werden ongeveer 700 gevangenen van Neuengamme naar Dachau getransporteerd. Dit waren gevangenen die niet meer in staat waren om te werken, een zogenaamd "invalidentransport". Jan werd op 31 juli 1942 op transport gezet. Hij vertelt in een naoorlogs formulier dat hij heeft gezien hoe een van de medegevangenen werd doodgeslagen door de bewakers. Alhoewel Jan hier niet wordt genoemd, is ook hij getuige geweest van de moord op Sterk in de trein.

Waarschijnlijk was Jan zo verzwakt in Neuengamme dat hij grotendeels arbeidsongeschikt was geworden. Het transport naar Konzentrationslager Dachau duidde er meestal op dat de gevangenen voor hun vernietiging nog wel ingezet konden worden voor medische experimenten. In Dachau wordt hij geregistreerd op 1 augustus 1942 als 'Johannys Dolphin', met Dachaunummer 33013. Als beroep is vermeld 'Zigarrenmacher'.
Na een jaar internering in het hoofdkamp wordt Jan rond april 1943 overgeplaatst naar KZ-Aussenlager Allach (bij München), het grootste nevenkamp van Dachau. Dit kamp werd door de Nazi's in maart 1943 geopend en was een uitbreiding van een bestaande porseleinfabriek, eigendom van Nazi kopstuk Heinrich Himmler. De Dachau dwangarbeiders werden ingezet in de fabriek om porselein te maken voor de oorlogsmachine. Een aantal dwangarbeiders werden uitgeleend aan de BMW fabrieken voor de productie van vliegtuig onderdelen. Deze gevangenen kregen een korte vakgerichte cursus als monteur of lasser. Hoogstwaarschijnlijk was Jan een van de geïnterneerden die bij BMW werd ingezet. Zijn latere overplaatsingen waren tevens naar kampen waar vliegtuigen werden gebouwd wat mogelijk wijst op vakkennis. Jan schrijft zelf dat hij na Allach in Augsburg is ingezet. Waarschijnlijk doelt hij op KZ aussenlager Augsburg-Haunstetten waar Messerschmidt fabrieken waren gevestigd. Vanaf welke datum en hoelang hij daar is verbleven is onduidelijk. Jan schrijft in het naoorlogse Rode Kruisformulier dat hij door zware langdurige ziekte de datums is vergeten.

Na Augsburg, waarschijnlijk na de beruchte bombardementen op de KZ-Aussenlagern door de geallieerden in februari 1944, wordt Jan tewerkgesteld in KZ aussenlager-Hersbrück. Dit kamp nabij Neurenberg, was het grootste buitenkamp van KZ-Flossenbürg met rond de 9000 dwangarbeiders. Hart van dit kamp was een ondergrondse fabriek waar vliegtuig motoren van BMW werden gebouwd. De fabriek stond bekend onder de codenaam doggerwerk. Deze fabriek moest de door geallieerde bommen vernietigde fabriek in Allach vervangen. Jan werd waarschijnlijk al in februari 1944 naar Herzbrück getransporteerd. Hij staat (archieven KZ-Flossenbürg) op 26 augustus 1944 als Johannes Dolschyn van Russische afkomst geregistreerd. Begin april 1945 als de Amerikanen naderbij komen, worden de gevangenen in colonnes te voet naar Dachau verplaatst. Deze colonnes staan beter bekend als de dodenmarsen. Op 5 april worden 1220 gevangenen met de trein naar Dachau verplaatst. De overige 600 gevangenen werden gedwongen om te voet naar Dachau te vertrekken.
Op 7, 8, 9 en 10, 12 en 13 april vertrokken er colonnes naar Dachau. Omdat Jan pas op 24 april 1945 werd geregistreerd in Dachau is het zeker dat hij aan een van de 150 km lange dodenmarsen heeft deelgenomen.

De route liep vanaf Hersbruck via Lauterhofen, Kastl, Schmidmühlen, Kallmünz, Pielenhofen, Kehlheim, Saal, Abensberg, Mainburg, Au en Pfaffenhofen naar Dachau. Tijdens de ongeveer 150 kilometer lange dodenmars waren gras en slakken het voedsel van de gevangenen. Jan was een van hen. Hij wordt als ‘Johann Dolphyn’ op 24 april 1945 (slechts enkele dagen voor de bevrijding van het kamp) ingeschreven te Dachau.
In deze laatste dagen voor de bevrijding was de situatie in kamp Dachau zeer chaotisch, zo ook de registratie van gevangenen die het kamp binnenkwamen. Waarschijnlijk is dit de reden dat men niet wist dat Jan Dolphijn al eerder in Dachau was geweest en heeft men hem opnieuw ingeschreven. Het is ook de reden dat hij toen geen nummer kreeg toegewezen. Hij was één van de 500 Nederlanders die daar toen nog verbleven.

Er waren verschillende transporten georganiseerd door het Rode Kruis om ook de Nederlanders weer thuis te brengen. Jan werd ingedeeld in de groep Pieké, die uit 116 mensen bestond en op 27 mei vertrok. Door technische storing aan de oude wagens duurde de terugreis langer dan gedacht. Pas twee dagen later kwam de colonne Pieké aan bij de Nederlandse grens.