Hij had zijn werkkring op het Arbeidsbureau, de instelling dit tot een modern slavenexport-bureau werd onder de Duitsche bezetting.
Onder die omstandigheden stelde hij zich tot taak, om op illegale wijze, o.a. door het verstrekken van valsche papieren, zooveel mogelijk mannen uit Duitschland te houden, waarmede hij veel succes had. Zijn vrije tijd offerde hij op voor dit werk. Door een ongelukkig toeval werd "een geval" ontdekt door den toemaligen Directeur van het Arbeidsbureau, de N.S.B.’er K. Deze liet Jansen arresteeren en voor de S.D. geleiden. Ofschoon de vrees bestond, dat meerderen door zijn verhoor gecompromitteerd zouden worden, is dit nooit het geval geweest, daar hij niet een naam heeft genoemd. Vanuit de gevangenis te Arnhem werd hij overgebracht naar het Concentratiekamp Amersfoort. Eind September 1944 werd hij doorgezonden naar het beruchte Duitsche Concentratiekamp Neuengamme, ten Noorden van Hamburg. Hier werd hij ingedeeld in een transport "voor zware arbeid", dat naar een kamp, kort bij de Deensche grens, werd gedirigeerd. Dit was het z.g.vernietigingslager "Husum". Binnen zeer korten tijd stierven hier vele menschen. Het overschot, waarvan de meesten ernstig ziek waren, werd na een verblijf van twee maanden in dit verschrikkelijk oord, naar Neuengamme teruggevoerd. Hierbij bevond zich ook Jan Jansen. Op 2 December 1944 overleed hij hier op 19-jarigen leeftijd. Hij viel in den strijd om recht en vrijheid.