De ouders van Jacob waren de Amsterdamse klerk der posterijen en later directeur postkantoor Dirk Berkhout (1872-1930) en Johanna Wilhelmina Huijbens (*1879-1958). Ze trouwden op 18 november 1903 in Den Haag en kregen samen de volgende kinderen:

Jacob Hermanus (1904-1945)
Catharina Maria Jacoba (*1907)
Hermanus Jacob (*1912-1999)
Maria Adriana Catharina (1914)
Johanna Wilhelmina (*1915-2001)
Cornelis Bonifacius (1919-1975)
Wilhelmina Maria (*1921)

Op 4 januari 1904 kwamen Dirk en Johanna vanuit Den Haag in Culemborg wonen, waar Dirk een betrekking kreeg als 'klerk der posterijen en Telegraphie', waarvan het pand op de Markt stond.
Op 28 augustus van dat jaar Jacob werd geboren. Het gezinnetje woonde in Culemborg Op de Binnenpoort 186a tot 1 september 1907, want toen kreeg Dirk een baan aangeboden in Den Haag.

Het gezin zal vast vaker zijn verhuisd, maar begin november 1929 verhuisde het hele gezin, behalve Jacob, vanuit Amsterdam naar Asten, waar Dirk directeur van het postkantoor werd. Jacob verbleef in Eindhoven, maar kwam op die datum ook bij de rest van het gezin in Asten wonen. Twee maanden later overleed Dirk plotseling en keerde het gezin eind februari 1930 weer terug naar Amsterdam-Diemen. Drie maanden later, op 5 mei 1930, verhuisde Jacob echter weer naar Asten.

Hij trouwde op 18 oktober 1934 in Breda met Johanna Petronella van den Muijsenberg, geboren te Willemstad op 23 juni 1908. Zij was de dochter van bankwerker Adrianus Franciscus Jacobus Hermanus van den Muijsenberg (*1883) en Theodora Wilhelmina Abbenhuis (*1887). Het echtpaar woonde op de Kloosterstraat 203a in Heythuysen, tussen Weert en Roermond. Ze kregen samen drie kinderen: Theo (1937), Thea (1939) en Ad (1941).

Jacob was actief binnen het plaatselijke verzet en hielp bij het leveren van wapens en de overdracht daarvan.

Ook boden Jacob en Johanna Berkhout onderdak aan het joodse meisje Karla/ Carla "Keetje" Prijs, later Polak-Prijs, (1927-2010) in hun huis in het Limburgse Heythuysen. Na een tijdje kwam ook Elisabeth (1906-1978), de moeder van Keetje, met haar jongste kind Simon (*1942) bij hun wonen. Philip (*1929), de broer van Keetje dook onder bij Johanna's moeder en Klara, het zusje van Keetje, verbleef op de boerderij van familie Brouwer in Neer, een nabijgelegen dorpje.

Keetje, die zogenaamd als inwonende gast uit Amsterdam te boek stond, kon zich vrij bewegen, maar Elisabeth en Simon moesten vrijwel altijd binnen blijven.
Elisabeth en haar twee kinderen verbleven meer dan een jaar bij de familie Berkhout en werden gedurende de gehele periode behandeld als leden van de familie. Ze hoefden niet te betalen voor hun voedsel.

Alles ging voorspoedig, totdat de Duitsers tegen een verrader zeiden, dat een vriendin van hem uit de gevangenis zou worden vrijgelaten als hij de namen gaf van vijf ondergedoken joden. Op 10 juni 1944 kreeg het huis van de familie Berkhouts onaangekondigd bezoek van vier rechercheurs van het Bureau Joodse Zaken uit Amsterdam. Na een eerste huiszoeking vonden ze al snel de baby Simon. Johanna vertelde hen dat hij haar zoon was, maar ze zagen dat hij besneden was en geloofden haar niet. Na een verdere huisdoorzoeking, vonden ze uiteindelijk Keetje en haar moeder achter een wand op zolder.

Elisabeth vertelde in een naoorlogs politierapport over hun ontdekking; “Ik hoorde vanuit onze schuilplaats voetstappen naar boven komen. Daarna hoorde ik, dat er op verschillende plaatsen tegen de muur werd aangetrapt, waarin zich de ingang van onze schuilplaats bevond. Plotseling bezweek het deurtje en zag ik een persoon met een pistool die riep; “Kom eruit, anders zal je wat anders zien.”

Naar Klara zijn de Duitsers niet op zoek gegaan.
Jacob, Elisabeth, Keetje en Simon, werden overgebracht naar de Marechaussee kazerne in Heythuysen. Hier bleek dat er nog een ander joods echtpaar was verraden in Heythuysen. Alle gevangenen werden later die dag lopend afgevoerd naar station Baexem. Na een lange en gevaarlijke treinreis arriveerden ze uiteindelijk in Amsterdam, waar ze naar de gevangenis aan de Euterpestraat of Havenstraat werden overgebracht, vervolgens naar het SS-hoofdkwartier en weer terug naar de gevangenis.

De vijf joodse onderduikers kwamen op 20 juni 1944 in het doorgangskamp Westerbork terecht. Moeder Prijs-Elsas en de twee kinderen gaan zes weken later op transport naar Bergen-Belsen, van waaruit ze op 9 april 1945 naar Theresienstadt worden gebracht. Hier worden ze op 23 april 1945 door de geallieerden bevrijd.

Op 6 juli 1944 werd Jacob verplaatst naar Kamp Vught, blok 19. Hij kreeg daar als nummer 10574. Hier is hij enige tijd werkzaam geweest bij het zgn. Philips-commando, vanwege zijn kennis van elektrotechniek.

Op 06-09-1944 werd hij overgebracht naar Sachsenhausen/Oranienburg. Hier kreeg Jacob het nummer 110.329 toebedeeld en verbleef er tot 01-10-1944. Jacob werd er geplaatst bij de Heinkelfabrieken en later vanuit het werkkamp Rathenau in de Arado-fabrieken. Hij is daar half oktober 1944 nog gesignaleerd, waarna hij naar Neuengamme werd overgebracht. Op 2 mei 1945 is Jacob bij de bevrijding van Malchow nog gezien. Hij is toen door de Russen in een ziekenhuis opgenomen en daar is zijn overlijden vastgesteld ‘niet eerder dan 3 mei 1945 en uiterlijk 31 mei 1945’.

Na de oorlog bleven Keetje en haar moeder in nauw contact met Johanna. Elisabeth kende na de oorlog een aantal zeer moeilijke jaren, maar ze vertelde dat ze nooit spijt had gehad van de beslissingen die ze tijdens de oorlog had genomen.

Jacobs naam staat gegraveerd op het Provinciaal Verzetsmonument op de Cauberg in het Limburgse Valkenburg. Dit monument is een symbool van dankbaarheid van de Limburgse bevolking voor het offer dat de in het verzet omgekomen Limburgers hebben gebracht. Het kruis is een teken van lijden, strijd en overwinning. De lauwertak is een eerbetoon aan de slachtoffers. Op de zijmuren en de achterwand zijn in zwarte letters de namen van 324 omgekomen verzetsmensen uit Limburg aangebracht.

De tekst links op de wand luidt:
'+ GEVALLEN LIMBURGERS'
De tekst rechts op de wand luidt:
'IN HET VERZET 1940 - 1945 +'

In 2003 werden op de ruimte tussen de zijmuren en het Mariareliëf plaquettes geplaatst, met de 24 namen van de Limburgse verzetsmensen wier naam na 1958 bekend is geworden.

Het Vredesmonument aan de Stationsstraat in Heythuysen is opgericht ter nagedachtenis aan alle medeburgers die tijdens de bezettingsjaren door oorlogshandelingen zijn omgekomen. Het gedenkteken benadrukt tevens dat vrijheid en vrede niet vanzelfsprekend zijn. Op één van de gedenkplaten staat ook de naam 'Jacob Hermanus BERKHOUT (1904-1945)' vermeld.

In 1965, twintig jaar na de dood van haar man, trouwde Johanna met hoofdonderwijzer Fransciscus Henricus Cuijpers (1902-1980). Ze woonde met hem in Neer en overleed aldaar op 27 oktober 2001.

De bekende Israëlische organisatie Yad Vashem erkende op 29 januari 1990 Jacob Berkhout en zijn vrouw Johanna Berghout-van den Muijsenberg, als 'Righteous Among the Nations' oftewel Rechtvaardige onder de Volkeren. Dat is een hoge onderscheiding als erkentelijkheid voor wat beiden hebben gedaan voor joodse onderduikers in de Tweede Wereldoorlog.